Kosciuscola GBS data analysis
Shichen Wang, @TXGEN
2018-11-08
Results
Species: “cognatus”, “cuneatus”, “tasmanicus”, “tristis”, “usitatus”
Download the structure plots for Ks (1-10): Song_KOS_sturcutre_plots.tarcognatus
## [1] "Species: cognatus"
## Fit Fst Fis
## 0.0007461991 0.0345306650 -0.0311520242
## [1] "Pairwise Fst, cognatus"
## WBHP Cobberas Thredbo Tate Jagungal
## WBHP 0.00000000 0.03903117 0.05648604 0.03878960 0.06509916
## Cobberas 0.03903117 0.00000000 0.05294885 0.03955009 0.06326724
## Thredbo 0.05648604 0.05294885 0.00000000 0.05666400 0.08433273
## Tate 0.03878960 0.03955009 0.05666400 0.00000000 0.06481578
## Jagungal 0.06509916 0.06326724 0.08433273 0.06481578 0.00000000
## TinMine 0.04958194 0.05275151 0.07232438 0.05349593 0.05757324
## HappyJacks 0.10218238 0.08401427 0.10122886 0.09640923 0.08338314
## Strumbo 0.10227510 0.09063193 0.12066142 0.10269060 0.07719291
## Tabletop 0.07237988 0.06563661 0.10331717 0.07491432 0.05199929
## Whites 0.04691930 0.04031386 0.05197940 0.03989933 0.04868024
## Tantangara 0.10364593 0.08888283 0.10730498 0.10074285 0.07552746
## Cooleman 0.09726017 0.08447553 0.08327352 0.09757873 0.07346821
## Long 0.07220401 0.06385953 0.07241812 0.07045681 0.06914123
## Bimberi 0.10479831 0.09062248 0.10819298 0.10410982 0.07810237
## TinMine HappyJacks Strumbo Tabletop Whites
## WBHP 0.04958194 0.10218238 0.10227510 0.07237988 0.04691930
## Cobberas 0.05275151 0.08401427 0.09063193 0.06563661 0.04031386
## Thredbo 0.07232438 0.10122886 0.12066142 0.10331717 0.05197940
## Tate 0.05349593 0.09640923 0.10269060 0.07491432 0.03989933
## Jagungal 0.05757324 0.08338314 0.07719291 0.05199929 0.04868024
## TinMine 0.00000000 0.09917063 0.10822989 0.08355511 0.04626320
## HappyJacks 0.09917063 0.00000000 0.05239920 0.06818547 0.05298142
## Strumbo 0.10822989 0.05239920 0.00000000 0.07932965 0.05614343
## Tabletop 0.08355511 0.06818547 0.07932965 0.00000000 0.04281196
## Whites 0.04626320 0.05298142 0.05614343 0.04281196 0.00000000
## Tantangara 0.10186870 0.04908706 0.05675557 0.05961312 0.05898221
## Cooleman 0.10643106 0.04317461 0.06243781 0.04529685 0.05735903
## Long 0.07989884 0.06522869 0.07867162 0.05808408 0.04826029
## Bimberi 0.10790928 0.06796200 0.08374605 0.06717231 0.06461751
## Tantangara Cooleman Long Bimberi
## WBHP 0.10364593 0.09726017 0.07220401 0.10479831
## Cobberas 0.08888283 0.08447553 0.06385953 0.09062248
## Thredbo 0.10730498 0.08327352 0.07241812 0.10819298
## Tate 0.10074285 0.09757873 0.07045681 0.10410982
## Jagungal 0.07552746 0.07346821 0.06914123 0.07810237
## TinMine 0.10186870 0.10643106 0.07989884 0.10790928
## HappyJacks 0.04908706 0.04317461 0.06522869 0.06796200
## Strumbo 0.05675557 0.06243781 0.07867162 0.08374605
## Tabletop 0.05961312 0.04529685 0.05808408 0.06717231
## Whites 0.05898221 0.05735903 0.04826029 0.06461751
## Tantangara 0.00000000 0.03168633 0.06207272 0.05650143
## Cooleman 0.03168633 0.00000000 0.03143339 0.01545204
## Long 0.06207272 0.03143339 0.00000000 0.05848744
## Bimberi 0.05650143 0.01545204 0.05848744 0.00000000
## [1] "Population structure anlaysis, cognatus"
## [1] "Principal Component Analysis, cognatus"
## [1] "Top 10 SNPs showing discrepancy of allele frequency among groups"
## [1] "Genetic Distance, cognatus"
## [1] "Analysis for cognatus is finished."
## [1] ""cuneatus
## [1] "Species: cuneatus"
## Fit Fst Fis
## -0.12139204 0.04061494 -0.16927670
## [1] "Pairwise Fst, cuneatus"
## WBHP EBHP Buffalo Thredbo Gingera
## WBHP 0.00000000 0.041194929 0.07254101 0.05551865 0.06305550
## EBHP 0.04119493 0.000000000 0.05936894 0.04144134 0.06193171
## Buffalo 0.07254101 0.059368936 0.00000000 0.06443278 0.09942635
## Thredbo 0.05551865 0.041441342 0.06443278 0.00000000 0.07730641
## Gingera 0.06305550 0.061931712 0.09942635 0.07730641 0.00000000
## TinMine 0.03563886 -0.005901044 0.02813467 0.01872174 0.04512770
## Magdala 0.04282258 0.076231999 0.07443204 0.04648542 0.05556864
## Selwyn 0.04992403 0.091249532 0.08121244 0.05740560 0.04118865
## MacDonald 0.04069233 0.045675676 0.05488706 0.04674719 0.03559306
## Viking 0.04711420 0.068021850 0.07343275 0.05474948 0.05239033
## Jagungal 0.05103073 0.090108130 0.08263039 0.04841061 0.06005203
## Cascade 0.13003585 0.149758606 0.15490555 0.11953438 0.10991512
## Cooleman 0.08241846 0.060865533 0.10173802 0.08371465 0.07889562
## Bimberi 0.05896664 0.044982602 0.08560813 0.06167602 0.05452618
## TinMine Magdala Selwyn MacDonald Viking
## WBHP 0.035638857 0.04282258 0.04992403 0.040692332 0.04711420
## EBHP -0.005901044 0.07623200 0.09124953 0.045675676 0.06802185
## Buffalo 0.028134671 0.07443204 0.08121244 0.054887064 0.07343275
## Thredbo 0.018721743 0.04648542 0.05740560 0.046747188 0.05474948
## Gingera 0.045127702 0.05556864 0.04118865 0.035593059 0.05239033
## TinMine 0.000000000 0.03082239 0.04010519 0.005466053 0.04145486
## Magdala 0.030822391 0.00000000 0.07577220 0.034829721 0.06404645
## Selwyn 0.040105194 0.07577220 0.00000000 0.026647966 0.06215093
## MacDonald 0.005466053 0.03482972 0.02664797 0.000000000 0.04073352
## Viking 0.041454862 0.06404645 0.06215093 0.040733520 0.00000000
## Jagungal 0.023249260 0.09182390 0.10543284 0.064019346 0.07748675
## Cascade 0.109603748 0.16332319 0.15415066 0.119418195 0.15003998
## Cooleman 0.049439467 0.07052295 0.07392903 0.058011876 0.07830534
## Bimberi 0.037678545 0.05002590 0.05200325 0.044532993 0.05564547
## Jagungal Cascade Cooleman Bimberi
## WBHP 0.05103073 0.13003585 0.08241846 0.05896664
## EBHP 0.09010813 0.14975861 0.06086553 0.04498260
## Buffalo 0.08263039 0.15490555 0.10173802 0.08560813
## Thredbo 0.04841061 0.11953438 0.08371465 0.06167602
## Gingera 0.06005203 0.10991512 0.07889562 0.05452618
## TinMine 0.02324926 0.10960375 0.04943947 0.03767854
## Magdala 0.09182390 0.16332319 0.07052295 0.05002590
## Selwyn 0.10543284 0.15415066 0.07392903 0.05200325
## MacDonald 0.06401935 0.11941820 0.05801188 0.04453299
## Viking 0.07748675 0.15003998 0.07830534 0.05564547
## Jagungal 0.00000000 0.15410557 0.06301203 0.04579981
## Cascade 0.15410557 0.00000000 0.06611806 0.06227165
## Cooleman 0.06301203 0.06611806 0.00000000 0.04040292
## Bimberi 0.04579981 0.06227165 0.04040292 0.00000000
## [1] "Population structure anlaysis, cuneatus"
## [1] "Principal Component Analysis, cuneatus"
## [1] "Top 10 SNPs showing discrepancy of allele frequency among groups"
## [1] "Genetic Distance, cuneatus"
## [1] "Analysis for cuneatus is finished."
## [1] ""tasmanicus
## [1] "Species: tasmanicus"
## Fit Fst Fis
## -0.176732259 0.002314414 -0.181262315
## [1] "Pairwise Fst, tasmanicus"
## Tasmania_BrontePark Tasmania_LakeStClair
## Tasmania_BrontePark 0.00000000 0.02335925
## Tasmania_LakeStClair 0.02335925 0.00000000
## Tasmania_Miena 0.01980100 0.01739631
## Tasmania_Miena
## Tasmania_BrontePark 0.01980100
## Tasmania_LakeStClair 0.01739631
## Tasmania_Miena 0.00000000
## [1] "Population structure anlaysis, tasmanicus"
## [1] "Principal Component Analysis, tasmanicus"
## [1] "Top 10 SNPs showing discrepancy of allele frequency among groups"
## [1] "Genetic Distance, tasmanicus"
## [1] "Analysis for tasmanicus is finished."
## [1] ""tristis
## [1] "Species: tristis"
## Fit Fst Fis
## -0.09341264 0.04490316 -0.13982413
## [1] "Pairwise Fst, tristis"
## BawBaw Buller Stirling Hotham WBHP
## BawBaw 0.00000000 0.05350572 0.04409233 0.05197093 0.05973308
## Buller 0.05350572 0.00000000 0.05304789 0.04867428 0.06938967
## Stirling 0.04409233 0.05304789 0.00000000 0.05093710 0.06163708
## Hotham 0.05197093 0.04867428 0.05093710 0.00000000 0.05811366
## WBHP 0.05973308 0.06938967 0.06163708 0.05811366 0.00000000
## Feathertop 0.05751993 0.06671931 0.06189420 0.05541834 0.04719190
## EBHP 0.06728127 0.06947021 0.06913405 0.05913105 0.04679653
## Buffalo 0.06505561 0.06682330 0.07172812 0.05285759 0.06046795
## Thredbo 0.06063649 0.07936379 0.06009381 0.06693369 0.05790600
## Townsend 0.06743524 0.08403584 0.07329180 0.07101621 0.06160041
## Tate 0.07034364 0.07661236 0.07431560 0.06382718 0.06005925
## Jagungal 0.06454728 0.06446341 0.06472621 0.06149371 0.06034911
## Stronachs 0.06027138 0.06129596 0.06729110 0.06024095 0.07696359
## Skene 0.06405276 0.06052010 0.06644832 0.06044646 0.07595100
## Sunday 0.05516245 0.05114184 0.05866658 0.05356364 0.07091260
## Magdala 0.06401531 0.06135744 0.06873519 0.05882778 0.08017898
## Selwyn 0.06267704 0.05760920 0.06333724 0.05906271 0.07547462
## MacDonald 0.05276612 0.04932849 0.05481102 0.04995131 0.06931833
## Viking 0.05864528 0.04788347 0.05795379 0.05033447 0.07170634
## Whites 0.10152626 0.11568599 0.11226849 0.11031340 0.11040116
## Feathertop EBHP Buffalo Thredbo Townsend
## BawBaw 0.05751993 0.06728127 0.06505561 0.06063649 0.06743524
## Buller 0.06671931 0.06947021 0.06682330 0.07936379 0.08403584
## Stirling 0.06189420 0.06913405 0.07172812 0.06009381 0.07329180
## Hotham 0.05541834 0.05913105 0.05285759 0.06693369 0.07101621
## WBHP 0.04719190 0.04679653 0.06046795 0.05790600 0.06160041
## Feathertop 0.00000000 0.05216504 0.06109251 0.06134341 0.06844546
## EBHP 0.05216504 0.00000000 0.06044452 0.06805285 0.06668919
## Buffalo 0.06109251 0.06044452 0.00000000 0.07395985 0.07573367
## Thredbo 0.06134341 0.06805285 0.07395985 0.00000000 0.04690658
## Townsend 0.06844546 0.06668919 0.07573367 0.04690658 0.00000000
## Tate 0.06077712 0.06358597 0.06156138 0.05244674 0.05211563
## Jagungal 0.06015207 0.06390637 0.06177752 0.05961126 0.05597878
## Stronachs 0.07437341 0.07759168 0.06906045 0.08776786 0.09406739
## Skene 0.07509286 0.07927355 0.06797197 0.08640876 0.08957764
## Sunday 0.07021301 0.07192637 0.06176925 0.08226197 0.08377942
## Magdala 0.07962205 0.07770307 0.07368868 0.08974718 0.09658113
## Selwyn 0.07237488 0.07711706 0.06602695 0.08584763 0.08608384
## MacDonald 0.06568796 0.06534705 0.05894677 0.08331258 0.08185049
## Viking 0.06725481 0.06631949 0.06215215 0.08421952 0.08444503
## Whites 0.11123948 0.12348554 0.10941640 0.11341877 0.10813674
## Tate Jagungal Stronachs Skene Sunday
## BawBaw 0.07034364 0.06454728 0.06027138 0.06405276 0.05516245
## Buller 0.07661236 0.06446341 0.06129596 0.06052010 0.05114184
## Stirling 0.07431560 0.06472621 0.06729110 0.06644832 0.05866658
## Hotham 0.06382718 0.06149371 0.06024095 0.06044646 0.05356364
## WBHP 0.06005925 0.06034911 0.07696359 0.07595100 0.07091260
## Feathertop 0.06077712 0.06015207 0.07437341 0.07509286 0.07021301
## EBHP 0.06358597 0.06390637 0.07759168 0.07927355 0.07192637
## Buffalo 0.06156138 0.06177752 0.06906045 0.06797197 0.06176925
## Thredbo 0.05244674 0.05961126 0.08776786 0.08640876 0.08226197
## Townsend 0.05211563 0.05597878 0.09406739 0.08957764 0.08377942
## Tate 0.00000000 0.04325448 0.07152695 0.07265339 0.07023134
## Jagungal 0.04325448 0.00000000 0.04072234 0.04266859 0.04566914
## Stronachs 0.07152695 0.04072234 0.00000000 0.03628560 0.03780912
## Skene 0.07265339 0.04266859 0.03628560 0.00000000 0.03700782
## Sunday 0.07023134 0.04566914 0.03780912 0.03700782 0.00000000
## Magdala 0.08202095 0.05983059 0.05883078 0.05513490 0.05062863
## Selwyn 0.07037021 0.03871183 0.03116112 0.03213687 0.03623693
## MacDonald 0.07127144 0.04762756 0.03457256 0.03780405 0.03533687
## Viking 0.07424081 0.05721779 0.04512605 0.04938585 0.04341166
## Whites 0.09564685 0.07574445 0.08636469 0.08059662 0.09379295
## Magdala Selwyn MacDonald Viking Whites
## BawBaw 0.06401531 0.06267704 0.05276612 0.05864528 0.10152626
## Buller 0.06135744 0.05760920 0.04932849 0.04788347 0.11568599
## Stirling 0.06873519 0.06333724 0.05481102 0.05795379 0.11226849
## Hotham 0.05882778 0.05906271 0.04995131 0.05033447 0.11031340
## WBHP 0.08017898 0.07547462 0.06931833 0.07170634 0.11040116
## Feathertop 0.07962205 0.07237488 0.06568796 0.06725481 0.11123948
## EBHP 0.07770307 0.07711706 0.06534705 0.06631949 0.12348554
## Buffalo 0.07368868 0.06602695 0.05894677 0.06215215 0.10941640
## Thredbo 0.08974718 0.08584763 0.08331258 0.08421952 0.11341877
## Townsend 0.09658113 0.08608384 0.08185049 0.08444503 0.10813674
## Tate 0.08202095 0.07037021 0.07127144 0.07424081 0.09564685
## Jagungal 0.05983059 0.03871183 0.04762756 0.05721779 0.07574445
## Stronachs 0.05883078 0.03116112 0.03457256 0.04512605 0.08636469
## Skene 0.05513490 0.03213687 0.03780405 0.04938585 0.08059662
## Sunday 0.05062863 0.03623693 0.03533687 0.04341166 0.09379295
## Magdala 0.00000000 0.05221011 0.04695223 0.05236437 0.10195548
## Selwyn 0.05221011 0.00000000 0.03482695 0.04309758 0.08001420
## MacDonald 0.04695223 0.03482695 0.00000000 0.03789706 0.09986817
## Viking 0.05236437 0.04309758 0.03789706 0.00000000 0.11072166
## Whites 0.10195548 0.08001420 0.09986817 0.11072166 0.00000000
## [1] "Population structure anlaysis, tristis"
## [1] "Principal Component Analysis, tristis"
## [1] "Top 10 SNPs showing discrepancy of allele frequency among groups"
## [1] "Genetic Distance, tristis"
## [1] "Analysis for tristis is finished."
## [1] ""usitatus
## [1] "Species: usitatus"
## Fit Fst Fis
## -0.08697719 0.02333019 -0.11126814
## [1] "Pairwise Fst, usitatus"
## Hotham WBHP Cobberas EBHP Thredbo
## Hotham 0.00000000 0.06410333 0.05034903 0.04282849 0.06333664
## WBHP 0.06410333 0.00000000 0.07240833 0.05639259 0.09248665
## Cobberas 0.05034903 0.07240833 0.00000000 0.05021705 0.04501140
## EBHP 0.04282849 0.05639259 0.05021705 0.00000000 0.06242005
## Thredbo 0.06333664 0.09248665 0.04501140 0.06242005 0.00000000
## Townsend 0.05884992 0.10124637 0.04113379 0.05725439 0.05995334
## Tate 0.06046624 0.07915542 0.04080112 0.05695626 0.05725514
## Jagungal 0.05701887 0.07599279 0.03942607 0.05637429 0.05100507
## Gingera 0.06838170 0.09547701 0.05569415 0.06897103 0.07725524
## HappyJacks 0.07597223 0.10047536 0.05309032 0.06609243 0.08340408
## Strumbo 0.05435161 0.07696444 0.03914163 0.05338537 0.05266511
## Tabletop 0.08771657 0.10121400 0.07146357 0.07762534 0.09291399
## Whites 0.06930830 0.09804657 0.06419665 0.07436101 0.07735083
## Cascade 0.07135011 0.09840297 0.04461455 0.05978292 0.07454398
## Bimberi 0.08993385 0.10606199 0.06867651 0.08068201 0.09499784
## Townsend Tate Jagungal Gingera HappyJacks
## Hotham 0.05884992 0.06046624 0.05701887 0.06838170 0.07597223
## WBHP 0.10124637 0.07915542 0.07599279 0.09547701 0.10047536
## Cobberas 0.04113379 0.04080112 0.03942607 0.05569415 0.05309032
## EBHP 0.05725439 0.05695626 0.05637429 0.06897103 0.06609243
## Thredbo 0.05995334 0.05725514 0.05100507 0.07725524 0.08340408
## Townsend 0.00000000 0.06015235 0.05035399 0.08029914 0.09232959
## Tate 0.06015235 0.00000000 0.03783562 0.05552115 0.05698907
## Jagungal 0.05035399 0.03783562 0.00000000 0.04424896 0.04978040
## Gingera 0.08029914 0.05552115 0.04424896 0.00000000 0.07714652
## HappyJacks 0.09232959 0.05698907 0.04978040 0.07714652 0.00000000
## Strumbo 0.04715064 0.04039924 0.03591205 0.05285349 0.04804092
## Tabletop 0.09407095 0.06868629 0.06460608 0.08091013 0.07092248
## Whites 0.06439117 0.06811031 0.06436777 0.06584638 0.07795098
## Cascade 0.08497371 0.05048018 0.04498271 0.07489727 0.07092604
## Bimberi 0.10297283 0.07365195 0.06524412 0.08296488 0.08214156
## Strumbo Tabletop Whites Cascade Bimberi
## Hotham 0.05435161 0.08771657 0.06930830 0.07135011 0.08993385
## WBHP 0.07696444 0.10121400 0.09804657 0.09840297 0.10606199
## Cobberas 0.03914163 0.07146357 0.06419665 0.04461455 0.06867651
## EBHP 0.05338537 0.07762534 0.07436101 0.05978292 0.08068201
## Thredbo 0.05266511 0.09291399 0.07735083 0.07454398 0.09499784
## Townsend 0.04715064 0.09407095 0.06439117 0.08497371 0.10297283
## Tate 0.04039924 0.06868629 0.06811031 0.05048018 0.07365195
## Jagungal 0.03591205 0.06460608 0.06436777 0.04498271 0.06524412
## Gingera 0.05285349 0.08091013 0.06584638 0.07489727 0.08296488
## HappyJacks 0.04804092 0.07092248 0.07795098 0.07092604 0.08214156
## Strumbo 0.00000000 0.06026863 0.04832611 0.04343672 0.06341330
## Tabletop 0.06026863 0.00000000 0.07900838 0.06822059 0.08153686
## Whites 0.04832611 0.07900838 0.00000000 0.07320378 0.08529164
## Cascade 0.04343672 0.06822059 0.07320378 0.00000000 0.08103569
## Bimberi 0.06341330 0.08153686 0.08529164 0.08103569 0.00000000
## [1] "Population structure anlaysis, usitatus"
## [1] "Principal Component Analysis, usitatus"
## [1] "Top 10 SNPs showing discrepancy of allele frequency among groups"
## [1] "Genetic Distance, usitatus"
## [1] "Analysis for usitatus is finished."
## [1] ""